Sakura Kinomoto é uma estudante do quarto ano do ensino fundamental que é boa em educação física. Um dia, quando Sakura voltou da escola para casa, ela notou alguém na biblioteca do porão, que deveria estar vazia. Quando Sakura caiu, havia um livro que brilhava como ouro. Havia uma carta dentro, mas assim que ele leu as palavras escritas nela, um vento violento surgiu e a carta se despedaçou. Uma estranha criatura chamada Cerberus aparece de dentro do livro que foi deixado para trás, e diz-se que quando o selo da Carta Clow dentro do livro for quebrado, um desastre ocorrerá neste mundo. Cerberus então dá a Sakura a chave do selo e ordena que ela se torne uma captora de cartas que captura cartas. A partir daquela noite, Sakura usa magia para enfrentar as cartas materializadas... Sakura conseguirá recuperar todas as cartas?

Sakura é reconhecida como a nova mestra da Carta Clow. Quando o novo semestre começa, um misterioso estudante transferido chamado Eriol Hiragizawa chega à classe de Sakura. Nessa época, eventos misteriosos começam a ocorrer novamente na cidade de Tomoeda. Usando o cajado recém-transformado, Sakura renascerá como uma Carta Clow em uma Carta Sakura...

Sakura, de quatorze anos, começa o ensino médio com seus amigos, incluindo Syaoran, que acaba de voltar para Tomoeda. Depois de ter um sonho com uma misteriosa figura encapuzada, todas as cartas de Sakura ficam em branco e sem poder, então ela começa sua busca para descobrir o que está errado. Ao fazer isso, Sakura e seus aliados descobrem e capturam novas cartas transparentes usando uma nova chave.